Набор содержит по восемь стрип-контейнеров с реагентами, необходимыми для автоматизированной подготовки шаблонов и загрузки двух чипов Ion Torrent GX5 с помощью интегрированного секвенатора Ion Torrent Genexus. Этот набор в сочетании с набором GX5 Chip and Genexus Coupler обеспечивает гибкую, полностью автоматизированную подготовку шаблонов и загрузку чипов для библиотек, подготовленных с помощью интегрированного секвенатора Genexus или по другому протоколу. В рамках рабочего процесса Genexus Integrated Sequencer набор автоматизирует подготовку шаблонов и загрузку чипов GX5 для библиотек Ion AmpliSeq или Ion AmpliSeq HD с длиной чтений 200-400 п.н.

Содержимое и условия хранения

• Genexus Strip 4, от -10 до -30°;
• Genexus Strip 3-GX5, 2–8°C.

Набор для подготовки библиотек NGS, специально оптимизированный для высокопроизводительной платформы секвенирования Ion Torrent. Новая версия набора значительно увеличивает скорость преобразования и выход амплифицированной библиотеки за счет улучшения модуля восстановления концов, модуля лигирования и модуля амплификации библиотеки. Набор применим для подготовки библиотек NGS из различных образцов.

Хранение компонентов набора: при – 20... – 15 °С в течении 18 месяцев, транспортировка при температуре ниже 0 °С.

Набор содержит материалы, необходимые для проведения двух инициализаций и автоматического секвенирования двух многополосных чипов за запуск с помощью интегрированного секвенатора Ion Torrent Genexus. Набор автоматизирует секвенирование библиотек Ion AmpliSeq или Ion AmpliSeq HD с длиной чтений 200-400 п.н.

Содержимое и условия хранения

• Genexus Cartridge, от -10 до -30°C;
• Genexus Bottle 2, при комнатной температуре;
• Genexus Bottles 1 and 3, при комнатной температуре.

• Время однополосного запуска — 14 часов (от 24 до 30 часов для полного чипа), до 32 образцов за цикл;
• до четырех одновременных анализов на чипе GX5 за один запуск (максимум 60 млн. прочтений);
• гибкое и экономичное планирование прогонов с использованием многополосных, многопроходных чипов секвенирования;
• автоматическая подготовка библиотек;
• автоматическая загрузка частиц Ion Sphere и создание шаблонов;
• отслеживание расходных материалов в режиме реального времени с помощью инструмента для определения загрузки расходных материалов во время настройки прогона;
• расходные материалы можно использовать в течение 14 дней после загрузки в прибор.

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

• набор реагентов для получения библиотеки;
• комплект для обогащения мРНК Poly(A) RNA Selection Kit;
• набор буферов и колонок для очистки РНК;
• дополнительные реагенты не требуются.

• Совместимые чипы — Ion 510, Ion 520, Ion 530, Ion 540, Ion 550;
• время секвенирования от 2,5 до 4 часов;
• ПО Torrent Suite — первичный анализ данных, Ion Reporter — вторичный анализ и аннотация данных;
• размеры, Ш × Г × В, см — 54,2 × 80,6 × 50,9;
• вес — 63,5 кг.

• Совместимые чипы — Ion 510, Ion 520, Ion 530, Ion 540, Ion 550;
• время секвенирования от 2,5 до 4 часов;
• ПО Torrent Suite — первичный анализ данных, Ion Reporter — вторичный анализ и аннотация данных;
• при использовании чипов Ion 540 и Ion 550 анализ результатов с первого чипа производится одновременно со вторым запуском;
• размеры, Ш × Г × В, см — 54,2 × 80,6 × 50,9;
• вес — 63,5 кг.

• Совместимые чипы — Ion 510, Ion 520, Ion 530, Ion 540;
• время секвенирования от 2,5 до 4 часов;
• ПО Torrent Suite — первичный анализ данных, Ion Reporter — вторичный анализ и аннотация данных;
• размеры, Ш × Г × В, см — 54,2 × 80,6 × 50,9;
• вес — 63,5 кг.

Идентификация видов, присутствующих в образцах пищевых продуктов и кормах, является важным критерием для подтверждения подлинности, проверки происхождения, отслеживаемости сырья и для контроля качества процессов обработки на линиях производства.

Рабочий процесс Thermo Scientific NGS Food использует технологию секвенирования следующего поколения Ion Torrent для обеспечения нецелевого подхода к скринингу, позволяющего идентифицировать виды, содержащиеся в пищевых образцах как однокомпонентного, так и многокомпонентного сырья, путем сравнения с базой данных ДНК видов мяса, растений или рыб.

Ключевая особенность секвенатора ДНК 2-го поколения Ion GeneStudio S5:

• сокращение времени работы и сложности – реактивы plug-and-play на основе картриджа;
• быстрое получение результатов анализа – полный цикл секвенирования и анализ за часы;
• гибкая пропускная способность – выбрать чип, соответствующий вашим требованиям к пропускной способности (набор микросхем Ion 510 или 520 для идентификации видов пищевых продуктов).

Система Ion GeneStudio S5 использует скорость полупроводникового секвенирования, которая обеспечивает получение высококачественных данных секвенирования за несколько часов и позволяет перейти от библиотеки ДНК к данным всего за 24 часа. Благодаря однодневной установке, простому пользовательскому интерфейсу и картриджам с реагентами система Ion GeneStudio S5 проста и удобна в использовании.

Преимущества автоматизированного NGS-скрининга для мультивидовой идентификации:

• детекция всех мишеней (мясо, рыба и растения) в одном запуске;
• надежные результаты образцов из нескольких категорий продуктов питания (готовые к употреблению блюда, свежие продукты, супы, консервы и т. д);
• реагенты на основе картриджей «включай и работай»;
• быстрые результаты – полный цикл секвенирования и анализ за 24 часа;
• секвенирование ДНК – наиболее достоверный метод для подтверждения вида;
• методика определения вида методом секвенирования соответствует международному стандарту ISO TC 34/SC 16 ISO 22949-1 и ГОСТ 34106-2017.

Предназначен для быстрого, всестороннего и широкого анализа смешанных микробных популяций с использованием ионного полупроводникового секвенирования Ion Torrent. Набор позволяет проводить ПЦР-амплификацию гипервариабельных участков гена 16S рДНК бактерий.

Набор включает 2 типа праймера, которые могут быть использованы для амплификации соответствующих гипервариабельных областей гена 16S рДНК бактерий, как по отдельности, так и вместе:

• набор праймеров V2-4-8;
• набор праймеров V3-6,7-9.

Эти комплексные наборы праймеров позволяют точно обнаруживать и идентифицировать широкий спектр бактерий до родовой или видовой принадлежности. Наборы праймеров сопряжены с набором Environmental Master Mix v2.0, который устойчив к высокому уровню ингибиторов ПЦР сложных образцов, таких как образцы окружающей среды, пищевых продуктов, тканей и т.д. Кроме того, в набор входит положительный контроль.

Примечание: Данный набор не совместим с набором для количественного анализа библиотек Ion (кат. № 4468802). Для точного количественного анализа ампликонов, полученных с помощью этого набора, следует использовать универсальный набор для количественного анализа библиотек Ion (кат. № A26217).

Характеристики набора

• Метод детекции — ионное полупроводниковое секвенирование, праймер-зондовая детекция;
• тип образца — ДНК;
• оборудование — система Ion PGM;
• класс целевых организмов — все бактерии.

Состав набора

• Количество реакций — 250;
• буфер для разведения ДНК (7 мл), шт. — 1;
• 2X мастер-микс (0,8 мл на пробирку), шт. — 2 (хранение при температуре 2-8 °C);
• контроль ДНК E. coli (40 мкл), шт. — 1;
• вода для отрицательного контроля (1 мл), шт. — 1;
• набор 16S праймеров V2-4-8 (300 мкл), шт. — 1;
• набор 16S праймеров V3-6,7-9 (300 мкл), шт. — 1 (хранение при температуре от -5 до -30 °C).

• Одновременный прогон до 5 образцов;
• напряжение при электрофорезе, В — 25, 100 и 150 (постоянный ток), или 100 в режиме пульс-электрофореза;
• ток (на каждую дорожку), мА — 2 или 3;
• длина волны возбуждения, нм — 470;
• длина детекции, нм — 525;
• максимальная нагрузка фрагментированной геномной ДНК на дорожку, мкг — 5;
• минимальная нагрузка фрагментированной геномной ДНК на дорожку, нг — 15;
• размер ДНК - 100 bp - 50 kb;
• точность выделения, % - > 93;
• воспроизводимость выделения, % - > 92;
• минимальное распределение по размерам, % - 8;
• выход образца, % - 50-80;
• габариты, ШхГхВ, см — 28х53х18;
• вес, кг — 7.

Области применения:

• приготовление библиотек при проведении NGS на секвенаторах ДНК HiScan SQ, HiSeq 2000, MiSeq (Illumina);
  5500 xl W, 5500w, Ion Torrent IonProton, Ion Torrent PGM (Life Technologies);
  GS FLX+, GS Junior (Roche);
• подготовка образов для парноконцевого секвенирования, ChIP-секвенирования;
• улучшение библиотек при проведении эмульсионной ПЦР с помощью систем QX100 и QX200 с автоматической системой генерации капель (Bio-Rad);
• выделение НК и белков.

Принцип работы: в системе используются готовые картриджи на пять изолированных капилляров, заполненных агарозным гелем разной процентной концентрации, которая выбирается пользователем в зависимости от величины фрагмента образца. В конце каждого капилляра имеется Y-образное разветвление. Оба выходящих капилляра имеют независимое подключение к катодам. Движение фрагментов ДНК в капилляре как и в «классической» методике происходит под действием тока, но при приближении фрагментов ДНК требуемого размера к месту разветвления, происходит переключение катодов, и искомый фрагмент попадает в боковое ответвление капилляра и собирается в канале для сборки. Для проведения электрофореза нуклеиновых кислот используется Tris-TAPS (или Трис-ТАПС) буфер, для белков — SDS-буфер. Программное обеспечение определяет время элюирования на основе миграции ДНК-маркера.

4 режима программирования:

1. Tight (узкий) – сбор коротких фрагментов образца, выбирается в основном для работы с молекулами небольших размеров.
2. Range (диапазон) – пользователь может сам выбрать диапазон размера фракций который ему необходим. Подход используется, когда не важна высокая точность исследования.
3. Time (время) – коллекционирование образцов происходит в зависимости от заданного времени. Подход используется, когда не важна высокая точность исследования.
4. Peak (пик) – сбор пиков (нескольких фрагментов разного размера).

3 стратегии детектирования фракций:

• Для ДНК малых размеров (90 п.н. -1,5 тыс.п.н.):
  Стратегия без окрашивания с внутренними флуоресцентно-мечеными маркерами. В качестве внутренних стандартов используются флуоресцентно-меченые маркеры ДНК, определенной молекулярной массы. Добавляются в лунку совместно с исследуемым образцом. Одновременно возможен анализ 5 образцов.
• Для ДНК больших размеров (> 2 тыс. п.н.):
  Стратегия без окрашивания с внешним флуоресцентно-меченым маркером. В качестве внешнего стандарта используется флуоресцентно-меченый маркер ДНК определённой молекулярной массы, добавляется в отдельную лунку. Одновременно возможен анализ 4 образцов + 1 внешний стандарт.
• Для выделения ДНК с дорожки (band capture) (> 2 тыс. п.н.):
  Окрашивание образцов флуоресцентным красителем Midori Green. Образцы окрашиваются флуоресцентным красителем Midori Green. Одновременно возможен анализ 4 образцов + 1 внешний стандарт.

Преимущества метода:

• Время подготовки — 3 минуты, время проведения самой процедуры — 50-100 мин в зависимости от размеров фрагментов.
• Благодаря готовым гелевым чипам достигается максимальная воспроизводимость экстракции и, как следствие, более точный результат секвенирования.
• Каналы, в которых идёт разгонка, полностью изолированы друг от друга, что снижает риск перекрёстной контаминации.
• Отбор осуществляется, автоматически в соответствии с заданным через ПО диапазоном длин фрагментов, что может использоваться для секвенирования спаренных концов.
• Отбор образцов из пробоотборной камеры производится вручную с помощью стандартного дозатора.

Схема работы:

1. Пробоподготовка:
• Подготовка материала, если используются внутренние стандарты: образец ДНК довести до 30 мкл ТЕ буфером, добавить 10 мкл флуоресцентно - меченного маркера.
• Подготовка материала, если используется внешний стандарт: образец ДНК довести до 30 мкл ТЕ буфером, добавить 10 мкл загрузочного раствора. 40 мкл готового стандарта помещается в отдельную дорожку.
• В случае с красителем Midori Green, 40 мкл красителя помещается в каждую из пяти + буферную камеру и при включении тока будет двигаться на встречу образцам.
2. Эксперимент:
• Выбираем картридж в соответствии со стратегией, с помощью которой будет производиться детектирование НК;
• помещаем картридж в прибор и выбираем её в ПО из списка предложенных программой (ПО само установит все необходимые параметры для проведения электрофореза под выбранный картридж);
• По истечении времени, заданного программой, образец аккуратно собираем из коллектора фракций пипеточным дозатором.

Информация о свежих статьях:

1. Nature Methods. Assembly and diploid architecture of an individual human genome via single-molecule technologies (июнь, 2015); Authors: Matthew Pendleton, Robert Sebra, Andy Wing Chun Pang, Ajay Ummat et al.
2. BioTechniques. Optimization and cost-saving in tagmentation-based mate-pair library preparation and sequencing. (май, 2015) DOI:10.1038/nmeth.3454; Authors: Kaori Tatsumi, Osamu Nishimura, Kazu Itomi, Chiharu Tanegashima, and Shigehiro Kuraku.

Видео:
Системы препаративного электрофореза BluePippin и Pippin Prep

Для проведения пульс-электрофореза применяется специальный источник питания Pippin Pulse.

Товар временно недоступен. Аналог: C100001, BiOptic.

Система Bioanalyzer 2100 использует микрофлюидную технологию LabChip, обеспечивает высокую точность результатов при минимальных объемах исследуемого образца. В системе используется два принципа анализа: электрофореза и проточной цитометрии.

• Источник света — светодиодный лазер;
• длина волны эмиссии, нм — 635;
• фотоэмиссионный детектор;
• длина волны детекции, нм — 685;
• фильтры эмиссии, нм — 488, 638 нм;
• формат — 16-луночные чипы;
• подключение к ПК — USB 2.0;
• габариты, ШхГхВ, мм — 162 × 412 × 290;
• вес, кг — 10.

• приготовление библиотек при проведении NGS на секвенаторах ДНК HiScan SQ, HiSeq 2000, MiSeq (Illumina); 5500 xl W, 5500w, Ion Torrent IonProton, Ion Torrent PGM (Life Technologies); GS FLX+, GS Junior (Roche);
• подготовка образцов для парноконцевого секвенирования, ChIP-секвенирования;
• выделение белков и НК;
• контроль качества синтезированной in vitro матричной РНК, контроль чистоты выделенной РНК (RIN - RNA Integrity Number);
• определение уровня апоптоза;
• оценка жизнеспособности и пролиферации клеток;
• оценка экспрессии белков в результате связывания с антителами;
• оценка экспрессии белков с помощью зелёного флуоресцентного белка (green fluorescent protein, GFP);
• оценка эффективности трансфекции миРНК (siRNA).

• система позволяет анализировать ДНК, РНК, белки, клетки с использованием одного прибора;
• чувствительность, пг/мкл — 5 (для ДНК), 50 (для РНК), 1 (для белков);
• максимальная загрузка чипа — до 12 образцов на один чип;
• объем исходного образца, мкл — 1 (для ДНК и РНК), 4 (для белков), 10 мкл (для клеток);
• время анализа, мин — 25-45, в зависимости от используемого чипа.

Характеристики чипов:

Набор Ion Torrent GX5 Chip and Genexus Coupler включает два чипа GX5 и два соединителя для секвенатора Genexus, достаточные для двух запусков интегрированного секвенатора Ion Torrent Genexus. Чип GX5 генерирует 12-15 миллионов прочтений на дорожку, или 48-60 миллионов чтений на чип.

Набор содержит один планшет, заполненный 32 одноразовыми бар-кодами, и закрытый прокалываемой фольгой, что исключает риск перекрестного загрязнения между лунками. Бар-коды можно гибко использовать с шагом от 1 до 32, пока не закончатся все бар-коды. При использовании вместе с полосками для библиотек Ion Torrent Genexus 1 и 2AS этот набор обеспечивает гибкую, полностью автоматизированную подготовку и стандартизацию до 32 библиотек Ion AmpliSeq.

Применение

• Секвенирование, таргетное секвенирование библиотек;
• автоматизирует подготовку библиотек для библиотек Ion AmpliSeq с 200-400 базовыми считываниями;
• экономически эффективная поддержка вариабельности образцов для клинических исследований;
• максимальная гибкость благодаря возможности подготовки от 1 до 32 библиотек с одним пулом за прогон;
• обеспечивает параллельную обработку до четырех совместимых анализов за один цикл;
• быстрая и простая настройка прибора, занимающая менее пяти минут.

Характеристики

• Количество реакций, 32;
• тип образца — ДНК, РНК;
• тип секвенирования — секвенирование генома, ДНК и РНК;
• совместимость с оборудованием — интегрированный секвенатор Genexus.

Транспортировка и хранение — при комнатной температуре.

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

• набор реагентов для получения библиотеки;
• комплект для обогащения мРНК Poly(A) RNA Selection Kit;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК;
• дополнительные реагенты не требуются.