06.12.2018
Компания
Oxford Nanopore Technologies запустила новый сервис под названием
Protocol Builder. Это онлайн-сервис, доступный всем пользователям нанопоровых секвенаторов, зарегистрированных в
Nanopore Community.
Protocol Builder позволяет исследователю полностью выстроить весь эксперимент по нанопоровому секвенированию – от выделения нуклеиновой кислоты до обработки результатов секвенирования.
Процесс онлайн-планирования эксперимента состоит из нескольких этапов:
- выбор задачи эксперимента
-
выбор генетического материала
-
выбор методики выделения нуклеиновой кислоты
-
выбор методики подготовки библиотеки
-
выбор методики анализа данных
На каждом этапе возможен выбор уточняющих параметров эксперимента. Например, если поставлена задача по сборке генома – возможны варианты сборки
de novo или метагеномной сборки, если предполагается
SNP-анализ – то есть возможность выбора таргетного, экзомного или полногеномного секвенирования и т.д.
Затем пользователь выбирает модель секвенатора (
MinION,
GridlON,
PromethION), протокол подготовки библиотеки и тип биологического образца (бактерии, животные или растительные ткани, кровь и т.д.) После этого будет предложен один или несколько вариантов наборов для выделения нуклеиновой кислоты. Исследователь может воспользоваться любым набором, но
Oxford Nanopore Technologies рекомендует наборы от
Qiagen, которые были протестированы в лаборатории
ONT и признаны оптимальными в отношении производительности секвенирования.
На последнем этапе предлагается выбрать ПО для анализа данных – доступное в рамках платформы
EPI2ME (разработка
ONT) или в рамках
Nanopore Community (разработка участников
Community).
В итоге исследователь получает протоколы выделения нуклеиновой кислоты и приготовления библиотеки в виде pdf-файлов, ссылку на ПО для анализа данных и список необходимого оборудования и реактивов, производимых
ONT и другими компаниями.
Так как
Nanopore Community – это открытое сообщество, то каждый его член может принять участие в дальнейшей разработке и усовершенствовании
Protocol Builder.
См. также:
Секвенаторы ДНК 3-го поколения, нанопоровые.
Выделение и очистка нуклеиновых кислот.
