Подготовка NGS-библиотек и ChIP-секвенирование методом обработки ДНК/хроматина ультразвуком. У/з гомогенизатор Q800R3, Qsonica – до 18 образцов одновременно!

Q800R3 предназначен для фрагментирования ДНК и хроматина в процессе приготовления библиотек для высокопроизводительного секвенирования (NGS) и ChIP-seq и отличается высокой точностью фрагментации в сравнении с ферментативными методами.

Гомогенизатор ультразвуковой Q800R3 для расщепления ДНК, Qsonica

Модель Q800R3 быстро расщепляет геномную ДНК и хроматин на фрагменты заданной длины от 150 до 3000 п.н. с высокой точностью. Длина получаемых фрагментов задается путем уменьшения или увеличения времени воздействия на ДНК ультразвуком. Важной отличительной особенностью соникатора Q800R3 является совместимость с обычными полипропиленовыми микропробирками объемом 1,5 мл, или пробирками для ПЦР (на 0,5 и 0,2 мл). Возможна одновременная фрагментация от 1 до 18 образцов.

Ультразвуковой электронный генератор прибора преобразует переменный ток в сигнал частотой 20 кГц, который далее преобразуется преобразователем в механическую вибрацию. Ультразвуковое расщепление молекул биополимеров в растворе происходит из-за деформации их молекул в результате действия гидродинамических сил. Силы, приводящие к расщеплению молекул под действием ультразвука высокой интенсивности, связаны с кавитационными процессами, которые происходят в растворе.

Передача энергии ультразвукового воздействия на пробу в соникаторе Q800R3 производится опосредованно через водную среду. Такой подход позволяет работать в закрытых пробирках с большим количеством образцов одновременно (до 18), в том числе малого объема. Кроме того, это предотвращает образцы от перегрева, образования аэрозоля и вспенивания.


Система Q800R3 включает в себя чиллер для контроля температуры, цифровую операционную систему с программируемой памятью, ультразвуковой аппарат высокой интенсивности.

В комплекте также находятся три держателя для пробирок:

• 12×0,5 мл с длиной 29,5-30 мм;
• 12×0,5 мл с длиной 31,5-32 мм;
• 18×0,2 мл с длиной 21,5-22 мм.

Дополнительно:

• 8×1,5 мл (для пробирок из полистирола);
• 8×1,5 мл типа Eppendorf

Для эффективной обработки образцов Qsonica рекомендует для большинства применений использовать пробирки объемом 0,5 мл или меньше.

По результатам апробации прибора в 2017 г. компанией Illumina, при подготовке библиотек для секвенирования с набором TrueSeq сделан вывод о том, что соникатор демонстрирует отличную воспроизводимость и генерирует фрагменты для библиотеки с высококачественными результатами данных секвенирования.

Фрагментация ДНК при подготовке библиотек с набором TrueSeq Illumina

Сравнение библиотек ДНК, полученных с помощью инструментов Qsonica и Branson, Broad Institute


Протоколы фрагментации ДНК:

Протокол №2 фрагментации геномной ДНК бактерий (Vibrio cholera и E. coli)

Протокол №3 фрагментации геномной ДНК бактерий (E. coli)

Протокол фрагментации геномной ДНК бактерий

Протокол фрагментации геномной ДНК из крови и тканей птиц

Протокол фрагментации геномной ДНК из растительных тканей

Протокол фрагментации геномной ДНК из скелетных миобластов человека

Протокол фрагментации геномной ДНК растений

Протокол №1 фрагментации геномной ДНК человека

Протокол №2 фрагментации геномной ДНК человека


Протоколы фрагментации хроматина:

Протокол фрагментации хроматина – C. Elegans

Протокол фрагментации хроматина – дрожжи и млекопитающие

Протокол фрагментации хроматина – дрожжи

Протокол фрагментации хроматина – клеточная линия 293T 2

Протокол фрагментации хроматина – клеточная линия 293T

Протокол фрагментации хроматина – клеточная линия CH12

Протокол фрагментации хроматина – клеточная линия HCT116

Протокол фрагментации хроматина – клеточные линии Jurkats и HEK293

Протокол фрагментации хроматина – клеточные линии человека

Протокол фрагментации хроматина – лаборатория Whetstine

Протокол фрагментации хроматина – млекопитающие

Протокол фрагментации хроматина – ткань

Протокол фрагментации хроматина – Т-клетки мыши