16.12.20. Вся структура генома в одном исследовании. Хромосомный микроматричный анализ: возможности метода, обзор оборудования

05.11.2020

Бесплатный вебинар 16 декабря 2020 г.

11.00 - 11.45

Определение метода, принцип работы, строение микроматрицы, применение в медицине, сравнение с классическими цитогенетическими методами, характеристика микроматриц с различным разрешением, применение в агрогенетике, обзор оборудования для исследований,

Ирина Романова, специалист отдела продвижения Диаэм

Хромосомный микроматричный анализ.

Хромосомный микроматричный анализ (ХМА) представляет собой сложную молекулярную технологию, позволяющую провести полногеномную амплификацию с последующим анализом множества отдельных фрагментов генома с применением специально подготовленной микроматрицы. Благодаря этому можно изучить всю структуру генома в одном исследовании.

ХМА позволяет обнаружить:

Вариации числа копий ДНК (CNV) всего генома, в т.ч.:
- микроделеции/микродупликации размером от 1 тыс. до млн. п.н. (и точное определение их генного состава);
- анеуплоидии;
- несбалансированные транслокации;
- точное определение точек разрыва;
- мозаицизм;
- нарушение плоидности;
- участки потери гетерозиготности (LoH), включая копий-нейтральные участки потери гетрозиготности (cnLoH);
- хромотрипсис.
Определить точечные полиморфизмы (SNP).
Выявить частые мутации в генах.
Определить видовую принадлежность ДНК.
Провести анализ экспрессии генов.

Принцип ХМА:

Для проведения ХМА используется твердый носитель небольшого размера (микроматрица) из стекла или кремния. В определенном порядке к нему прикреплены короткие олигонуклеотиды (8-80 н.п.) или фрагменты ДНК (более 100 н.п.). Матрицы, используемые для ХМА, содержат до 6,85 млн. специфических олигонуклеотидов. Благодаря этому получают информацию о наличии генетического материала в аналогичном количестве точек генома. За счет высокой плотности маркеров можно определить минимальные потери/увеличение генетического материала всех регионов генома.

Задавая нужную последовательность ДНК-зондов, можно конструировать чипы для выявления практически любых последовательностей ДНК, определения точечных полиморфизмов (SNP), анализа копийности любых участков генома (CNV), определения видовой принадлежности ДНК, а также анализа экспрессии генов.

Применения в клинической практике:

в пренатальной диагностике для поиска хромосомной патологии плода при наличии биохимических, ультразвуковых маркеров хромосомной патологии (ХП) плода, при повышенном риске ХП по результатам неизвазивного пренатального теста (НИПТ);
в постанальной диагностике для детей со множественными пороками развития, малыми аномалиями развития, задержкой развития, аутизмом;
для анализа постабортного материала для установления причины потери беременности;
в онкологии для исследования опухолевых клеток. ХМА опухолей позволяет сделать полногеномное исследование числа копий с детекцией участков с потерей гетерозиготности LOH, с улучшенным разрешением по 900 опухолевым генам, определить статус часто исследуемых соматических мутаций. Все эти данные можно получить на материале одной пробы. ХМА в отношении опухоли может использоваться у больных миелодиспластическим синдромом при нормальном кариотипе. ХМА обнаруживает достаточно мелкие изменения, которые, позволяют определять прогноз и тактику лечения пациентов.

Сравнение ХМА и классических цитогенетических методов

Характеристика	ХМА	Кариотип	FISH
Анеуплоидии	Да	Да	Да
Делеции/дупликации	Да, от 1 kb	Да, от 10 Mb	Да, 80-200 kb
Потеря гетерозиготности	Да, от 3 Mb	Нет	Нет
Родство	Да	Нет	Нет
Однородителькие дисомии	Да	Нет	Нет
Сбалансированные транслокации	Нет	Да	Да
Тип материала	Любой материал, содержащий ДНК	Делящиеся клетки, необходимость культивирования	Делящиеся клетки, необходимость культивирования
Достоинства	Полногеномный, высокое разрешение, обьективный, точный, быстрый	Выявляет сбалансированные трансолокации	Способен подтверждать сбалансированные транслокации
Недостатки	Не определяет сбалансированные транслокации	Низкое разрешение, субьективный, длительный	Возможно исследование только заранее определенной области генома

Применения в агрогенетике:

идентификация и паспортизизация сорта и породы сельскохозяйственных растений и животных;
ДНК-скрининг селекционных маркеров при скрещивании и выявлении наследуемых патологий.

Основные современные технологии ХМА

Проведение ХМА включает в себя амплификацию ДНК, далее фрагментацию, гибридизацию ДНК, затем лигирование, отмывку и визуализацию полученных данных.

Рабочий процесс ХМА можно провести с помощью систем Thermo FS:

GeneChip Scanner 3000 7G System;
GeneTitan Multi-Channel.

Программа онлайн-лектория Диаэм

Подарки и бонусы онлайн-лектория Диаэм

Зарегистрированный участник вебинара получает скидку* в 10% до конца года по любым позициям из презентации без ограничения в их количестве (кроме товаров, участвующих в Спецпредложениях).
Слушатели, ответившие на вопросы анкеты, прилагаемой к материалам вебинара (рассылка по его окончанию) получают на выбор:

Любой набор diaGene на 50 выделений.

* Для получения скидки необходимо обратиться в офис продаж Диаэм или к коммерческому представителю, см. Контакты.

Вебинар окончен. Всем участникам будут предоставлены видеозаписи вебинара и сопутствующие материалы.

По организационным вопросам обращайтесь к: Карине Гусевой kg@dia-m.ru, тел. (495)745-0508, доб. 163.

Техническая поддержка: Маукин Виктор — admin@dia-m.ru, тел. (495)745-0508, доб. 229.