Электрофорез нуклеиновых кислот

Агароза с низким EEO — полисахарид, используемый для разделения нуклеиновых кислот по размерам при электрофорезе в агарозном геле. Идеально подходит для расщепления фрагментов ДНК и РНК от 50 п.н. до >30 кб.

Особенности

• Идеально подходит для анализа и восстановления ДНК и РНК в обычных условиях;
• прочная гелевая структура обеспечивает лучшую управляемость и меньшую ломкость.

Протокол:

• рекомендуется использовать 0,5 буфера TBE (арт. G3002) или 1 буфер TAE (арт. G3001) для приготовления соответствующего количества гелевого препарата и буфера для электрофореза;
• в зависимости от количества геля и концентрации геля соответствующее количество порошка агарозы добавляют в стеклянную коническую колбу, содержащую определенное количество буфера для электрофореза (объем добавляемого буфера для электрофореза не должен превышать 50% емкости конической колбы).
• коническую колбу, накрытую сверху полиэтиленовой пленкой и помещают в микроволновую печь для нагревания и растворения агарозы.
• к агарозе следует добавить соответствующее количество красителей на основе нуклеиновых кислот, таких как нетоксичный краситель на основе нуклеиновых кислот SerRed (арт. G3606) или бромид этидия EB (арт. G3010), когда раствор остынет примерно до 50 °C его следует хорошо перемешать.
• раствор наливают в форму для заливки геля. Не касаясь дна формы помещают гребенки. Толщина геля обычно контролируется в пределах 3-5 мм.
• агарозный гель может затвердевать примерно за 30 минут при комнатной температуре (время затвердевания различных концентраций геля различно и подбирается в зависимости от реальной ситуации).

Вид	Порошок от белого до темно-коричневого цвета
Прочность геля 1% , г/см²	Не менее 1200
Температура гелеобразования, °С	36±1,5
Температура плавления 1,5% геля, °С	88±1,5
Электроосмотическое значение, %	Не более 0,13
Сульфаты, %	Не более 0,15
Влажность, %	Не более 10

Универсальная агароза с низким электроэндоосмосом предназначена для гелевого электрофореза нуклеиновых кислот. Обеспечивает высокую контрастность зон и прозрачность геля. Подходит для разделения фрагментов ДНК/РНК, анализа продуктов ПЦР и рутинных молекулярно-биологических исследований. Произведена по технологии без применения органических растворителей.

Этот тип агарозы — базовый рабочий инструмент для проверки качества и разделения генетического материала. Это своего рода молекулярное сито: под действием тока фрагменты ДНК или РНК движутся сквозь гель, разделяясь строго по размеру. Исследователи используют эту агарозу в ежедневной практике, чтобы проверить, успешно ли прошла ПЦР (появилась ли нужная полоска на приборе), оценить чистоту выделенной из образцов ДНК, а также аккуратно вырезать и очистить конкретный фрагмент гена для дальнейшей работы. Буквы «Low EEO» (низкий электроэндоосмос) означают, что сито работает идеально ровно, молекулы не тормозят из-за дефектов самой матрицы, а полосы на снимке получаются четкими и не размываются, что исключает ошибки при чтении результатов.

Основные свойства

Агароза с низким EEO обладает рядом особенностей.

• Высокое разрешение разделения.
• Минимальный фоновый сигнал.
• Отсутствие нуклеазной активности.
• Высокая прочность готового геля.

Указанные свойства гарантируют высокую точность и воспроизводимость молекулярно-биологических анализов.

Низкий уровень электроэндоосмоса (Low EEO) предотвращает размытие полос, обеспечивая четкое визуальное разделение даже близких по размеру фрагментов ДНК и РНК. Это ускоряет работу, упрощает этап интерпретации данных.

Исключительная оптическая прозрачность матрицы минимизирует фоновый сигнал и рассеяние света. Это важно для качественного документирования результатов геля и обнаружения слабовыраженных полос.

Полное отсутствие примесей ДНКаз, РНКаз и ингибиторов ферментов защищает целевые нуклеиновые кислоты от деградации. Что позволяет безопасно выделять и использовать очищенные фрагменты для последующего клонирования, секвенирования или ПЦР.

Высокая механическая прочность геля (≥ 1200 г/см²) исключает разрывы пластины при заливке, извлечении гребенок, переносе на трансиллюминатор и проведении саузерн-/нозерн-блоттинга.

Способ заливки геля без комочков и пузырей

Правильная подготовка геля к использованию критична для получения корректных данных и воспроизводимости результатов. Она включает в себя несколько шагов.

• Растворение. Навеску порошка необходимо залить буфером (TAE/TBE) в колбе, объем которой в 2-4 раза превышает объем раствора.
• Нагрев. Нужно прогреть смесь в микроволновой печи интервалами по 30 секунд, аккуратно покачивая колбу, до полной прозрачности жидкости и исчезновения крупинок (нельзя допускать бурного кипения).
• Охлаждение. Затем следует охладить раствор до 50-60 °C (колбу можно комфортно держать рукой) перед добавлением интеркалирующего красителя.
• Заливка. Раствор в форму заливают медленно; при появлении пузырей оперативно нужно сдвинуть их к краям или удалить с помощью наконечника до застывания геля.

Важным является также подбор концентрации под задачи исследования.

Принципы выбора концентрации под длину фрагментов

Процентное содержание агарозы определяет плотность полимерной сетки геля и подбирается под размер целевой ДНК.

• 0,7-0,8% гель. Обладает крупными порами, оптимален для разделения высокомолекулярных фрагментов и геномной ДНК (от 5 до 20 тысяч пар нуклеотидов, т.п.н.).
• 1,0-1,2% гель. Универсальная рабочая концентрация для большинства рутинных задач и стандартных ПЦР-тестов (от 500 пар нуклеотидов до 10 т.п.н.).
• 1,5-2,0% гель. Имеет плотную структуру, необходим для точного анализа коротких фрагментов и малых продуктов амплификации (от 100 до 500 пар нуклеотидов).

Это наиболее часто используемые параметры подготовки гелей, на практике применяют гель с концентрацией от 0,5 до 4%.

Утилизация отработанного геля

Отработанный агарозный гель относится к медицинским отходам (в зависимости от регламента лаборатории — класса Б или Г) из-за обязательного использования флуоресцентных красителей ДНК, таких, как бромистый этидий или его безопасные аналоги (GelRed, SYBR Green). Запрещено выбрасывать гель в бытовой мусор или смывать в раковину. Пластины геля собирают в специализированные герметичные контейнеры или пакеты для токсичных/биологических отходов, которые передаются на централизованное уничтожение (высокотемпературное сжигание или автоклавирование утилизирующей компанией).

Технические характеристики

Параметр	Значение
Электроэндоосмос (EEO)	≤ 0,13
Температура гелеобразования (1,5% гель)	36 ±1,5 °C
Температура плавления (1,5% гель)	88 ±1,5 °C
Прочность геля (1% гель)	≥ 1200 г/см²
Массовая доля влаги	≤ 10%
Содержание сульфатов	≤ 0,15%
Зольность	≤ 0,5%
Внешний вид	Порошок белого или светло-кремового цвета
Растворимость (1 г / 100 мл H₂O)	Полная, раствор прозрачный бесцветный
Отсутствие примесей	Отсутствуют ДНКазы, РНКазы, протеазы, ингибиторы эндонуклеаз/лигаз

Специалисты компании Диаэм помогут оптимизировать ваши протоколы электрофореза. Консультанты компании предоставят экспертные рекомендации по подбору оптимального типа буфера (TAE или TBE), расчету безопасного вольтажа для четкого разделения фрагментов. И подберут оптимальные решения по проектированию и настройке систем рециркуляции буфера для проведения длительных и препаративных электрофорезов.​

10-кратный буфер для загрузки образцов ДНК в гель, содержит красный краситель в качестве индикатора движения образца ДНК. Миграция красителя в 1×TAE буфере и 1% агарозном геле примерно 370 пн, и в 1×TBE буфере и 1% агарозном геле примерно 220 пн.

Условия хранения и транспортировки: при комнатной температуре, срок годности — 24 мес.

Фасовка, мл — 1.

10-кратный буфер для загрузки образцов ДНК в гель, содержит два красителя: красный и оранжевый в качестве индикаторов движения образца ДНК в геле. Миграция красного красителя в 1×TAE буфере и 1% агарозном геле примерно 370 пн, а в 1×TBE буфере и 1% агарозном геле примерно 220 пн. Миграция оранжевого красителя в 1×TAE или 1×TBE буфере и 1% агарозном геле до 100 пн.

Условия хранения и транспортировки: при комнатной температуре, срок годности — 24 мес.

Фасовка, мл — 1.

Предназначен для электрофореза нуклеиновых кислот в полиакриламидном геле в нативных и денатурирующих условиях (7 М мочевина), а также для секвенирования ДНК методом капиллярного электрофореза. Рекомендуется для разделения фрагментов нуклеиновых кислот до 1500 нуклеотидов. ТВЕ может использоваться с агарозными гелями, но не рекомендуется для препаративного электрофореза. Так как борат является ингибитором ферментов, не рекомендуется использовать в случае последующих ферментативных модификаций ДНК. Отфильтрован через мембрану 0,22 мкм.

Предназначен для электрофореза нуклеиновых кислот в полиакриламидном и агарозном гелях, преимущественно, для электрофореза РНК. Приготовлен из компонентов, тестированных на отсутствие РНКазной и других нуклеазных активностей. Сертифицирован как не содержащий РНКаз (RNAse-free). Поставляется в пластиковых бутылях ёмкостью 1 л.

Предназначен для электрофореза нуклеиновых кислот в полиакриламидном и агарозном гелях. Рекомендуется для электрофореза фрагментов от 10 до 3000 нуклеотидов с высоким разрешением в готовых гелях Novex DNA Retardation gels. Для приготовления образцов рекомендуется использовать буфер Novex Hi-Density TBE Sample Buffer.

10× буфер для образцов ДНК

Изготовлен из комбинации двух красителей: синего и красного, которые могут быть использованы как маркеры при электрофоретическом разделении молекул в агарозном геле.

Подвижность синего красителя:

• 1×TAE буфер и 1% агарозный гель — примерно на 4160 п.н.;
• 1×TBE буфер и 1% агарозный гель — около 3030 п.н.

Подвижность красного красителя:

• 1×TAE буфер и 1% агарозный гель — приблизительно на 370 п.н.;
• 1×TBE буфере и 1% агарозный гель — около 220 п.н.

Оба красителя не оставляют следов при УФ-облучении, а также содержат ЭДТА, который хелатирует ионы двухвалентных металлов, тем самым ингибируя металлозависимую активность нуклеазы.

Применение: каждые 9 мкл образца ДНК смешиваются с 1 мкл 10× Peach DNA Loading Buffer и добавляются в лунки геля.

Обратите внимание: данный продукт не может быть использован как загрузочный буфер для белкового электрофореза.

Хранение и транспортировка — при комнатной температуре.

Cрок годности — до 24 месяцев.

Буфер TBE предназначен для электрофореза нуклеиновых кислот в агарозном и полиакриламидном гелях. Применяется для разделения малых фрагментов нуклеиновых кислот до 2 килобаз с высоким разрешением - например, ПЦР продуктов или продуктов реакции рестрикции, а также для электрофореза РНК в полиакриламидном геле. TBE буфер имеет бо́льшую буферную емкость, чем буфер TAE, поэтому он идеально подходит для длительных пробегов.

Условия хранения: комнатная температура.

Буфер TBE предназначен для электрофореза нуклеиновых кислот в агарозном и полиакриламидном гелях. Применяется для разделения малых фрагментов нуклеиновых кислот до 2 килобаз с высоким разрешением, например, ПЦР продуктов или продуктов реакции рестрикции, а также для электрофореза РНК в полиакриламидном геле. TBE буфер имеет бо́льшую буферную емкость, чем буфер TAE, поэтому он идеально подходит для длительных пробегов.

Условия хранения: комнатная температура.

Буфер ТАЕ предназначен для электрофореза нуклеиновых кислот в агарозном и полиакриламидном гелях. Применяется для разделения фрагментов нуклеиновых кислот от 3 килобаз. ТАЕ буфер идеален для работы с нуклеиновыми кислотами, предназначенными для задач клонирования, так как борат, входящий в состав буфера TBE, способен подавлять работу ряда ферментов, в частности лигаз.

Условия хранения: комнатная температура.

Буфер ТАЕ предназначен для электрофореза нуклеиновых кислот в агарозном и полиакриламидном гелях. Применяется для разделения фрагментов нуклеиновых кислот от 3 килобаз. ТАЕ буфер идеален для работы с нуклеиновыми кислотами, предназначенными для задач клонирования, так как борат, входящий в состав буфера TBE, способен подавлять работу ряда ферментов, в частности лигаз.

Условия хранения: комнатная температура.

Буфер ТАЕ предназначен для электрофореза нуклеиновых кислот в агарозном и полиакриламидном гелях. Применяется для разделения фрагментов нуклеиновых кислот от 3 килобаз. ТАЕ буфер идеален для работы с нуклеиновыми кислотами, предназначенными для задач клонирования, так как борат, входящий в состав буфера TBE, способен подавлять работу ряда ферментов, в частности лигаз.

Условия хранения: комнатная температура.

Длина волны возбуждения флуоресценции, нм 280 (УФ), 502 (голубой)
Длина волны испускания флуоресценции, нм 530 нм (зеленый)
Условия хранения 2 - 8 ºС, в темном месте
Индекс риска (R): 20,22,26, 36/37/38, 68 вреден при попадании в дыхательные пути
Индекс безопасности (S): 9,36,60

Цианиновый краситель dsGold известен под названием «Oxazole Gold», окрашивает двуцепочечную и одноцепочечную ДНК, РНК при электрофорезе.

Данный краситель связывается с нуклеиновыми кислотами и усиливает флуоресцентный сигнал более чем в 1000 раз. Превосходит по характеристикам другие интеркалирующие агенты, такие как EtBr, dsGreen или ssGreen.

Флуоресцентные пики dsGold наблюдаются при длинах волн: 300 нм и 495 нм, а также при 546 нм, что обеспечивает возможность визуализации гелей под УФ и синим источниками возбуждения т. dsGold очень чувствителен и позволяет определить концентрацию ДНК в гелях с денатурирующими условиями детектирует всего 25 пг. Не связанный краситель обладает низким уровнем флуоресценции, поэтому не требует дополнительного промывания из геля с помощью формальдегида.
dsGold совместим с различными ферментами и техниками, включая Т4 ДНК-лигазу, Taq-полимеразу, рестриктазы, нортерн- и Саузерн-блоттинг.

Рекомендуется разводить в буферах TE, TBE, TAE, инкубировать гель в 1-кратном растворе от 10 до 40 мин.

Форма выпуска: 10 000х концентрат в DMSO.